Año 2065. La tierra está invadida de espíritus alienígenas, y la humanidad se enfrenta a la extinción total. Empujada por un extraño sueño y con la ayuda del doctor Sid, la científica Aki Ross intenta capturar los ocho espíritus con la esperanza de crear una fuerza lo suficientemente potente como para destruir a los alienígenas, pero tan pura como para proteger el planeta. Con la ayuda del escuadrón de Deep Eyes, Aki debe salvar la Tierra, desatando así la fantasía Final.
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