Ground Control II: Operation Exodus tiene lugar en el año 2741, 300 años después de los eventos acontecidos en el juego original. La democrática y libre Alianza de la Estrella del Norte está siendo presionada por el combativo Imperio Terrestre. La guerra ha entrado recientemente en una nueva fase, una brutal y peligrosa guerra terrestre, que se sucede mientras el imperio ha conseguido aterrizar sus primeras naves de tropas en el último planeta de la NSA - Morningstar Prime. La situación es desesperada y la única esperanza de la NSA yace en las manos de una leyenda.
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