Dos soldados destinados en Kazajistán (el capitán Duke Hauser y su compañero Ripcord) reciben la orden de transportar un armamento especial creado por MARS, una empresa fabricante de armas controlada por James McCullen. Tras ser atacados por unos bandidos (encabezados por Anastasia DeCobray, con quien Duke tuvo una historia), son rescatados por una súper secreta unidad internacional de fuerzas especiales conocida como los G.I. Joe. El jefe de G.I. Joe, el general Abernathy (o Hawk) persigue a los ladrones: una siniestra organización llamada Cobra. Mientras Duke y Ripcord se entrenan para unirse a los G.I. Joe, McCullen trabaja en secreto para Cobra y planea recuperar sus explosivos de "Nanomite", que devoran el metal.
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