En esta tercera entrega, Jak es expulsado de Haven City, a la que salvó en Jak 2, y su destierro le llevará a Wasteland, un escenario cinco veces más grande que la ya mencionada ciudad. Aquí, junto a Daxter y Pecker, tendrá a su disposición vehículos para salvar las enormes distancias y un nuevo arsenal de armas modificables a su disposición con el que acabar con las oleadas de enemigos, que poseerán mejor inteligencia artificial y en los que Naughty Dog aplicará una tecnología que permitirá que cada una de sus animaciones de muerte sea diferente de la anterior.
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